バネには端点（辺）があります。
バネを押したり倒したとき、
戻ろうとする力の方向は力が与えられたバネの部分だけでなく
その端点（辺）からも影響を受けます。
64コンのスティックには常にバネの力がかかっていて、（←特に分かりやすいのがニュートラルに戻るとき）
スティックの倒し具合だけでなくバネの力も入力値に影響を与えます。
このとき、バネの向き（角度）を変える（＝バネを回す）ことで
端点（辺）の位置が変わり
バネの力の方向を変えることになるのでスティック入力値も変わります。
ここで「カドの遊び部分のせいで調査のブレが出ているのでは」と疑問に思うかもしれません。
しかし何度確認しても同じ（としか思えない）角度にスティックを倒していても、
バネ調整が入力値に微妙な影響を与えていました。
（確認方法はエミュで Raphnet専用プラグイン + スマブラのデバッグモード で入力値の確認を行いました。）
実戦的な話をすると、よほど違う位置に回したりバネを逆にしたりしない限り
全キャラ基本的な入力には影響を出しませんでした。
角度調整が必要なワザ（各シフト攻撃、LIブーメラン、FO上B、NE上B）でも調べてみましたが
ピカチュウの石火以外影響がなさそうでした。
調べる気力がないのですみませんが、スティックジャンプには影響を与える可能性があります。（要検証）
ピカチュウに関して言えば真横にスティックを倒したとき、
入力値4,5くらいの違いで石火が斜め上か真横か斜め下にいくので
石火でおっとっとキャンできるかで1ストック変わりかねないピカにとって
かなり影響でるのではないかと思います。
中古とはいえ買ったばっかりでも石火が思う方向に出ない場合
この調整が必要になってくるかもしれません。
補足
デバッグモードのチートです
チート追加方法はこちら（ななこっとちゃんねる）
Cheat00="DebugMode",800A2A90 00??
Cheat00_O=$04 VS Mode,$03 System,$02 VS Mode (No Character),$01 Title Screen,$00 No Controller
この中で使っているのは$03 Systemで、
チートを入れた状態でタイトル画面でスタートボタンを押すとデバッグモードに入ります。
デバッグモード中にZボタンを押すとキー入力が表示されるのでここで入力の確認が行なえます。
デバッグモード(コード: 800A2A90 0002)でZボタンを押すとゲームに伝わる入力値の表示ができるのでスティック範囲調整に使えます— kix (@kixssb) 2017年8月20日
(備考) 実機で出来る入力範囲の絶対値: 上下最大:84 , 斜め最大: 68 pic.twitter.com/MXx1po1bJs
上記ツイートのチートコードは書き取りミスなので注意。
追記
結構前の大会前にコントローラーを分解して掃除して元に戻したときに
入力が全然思ったように出ずに困り悪戦苦闘して
入力感を戻したときの経験から導いた考えを書いているのでものすごく大雑把です
正直振り返ると不正確な可能性もあるので
ちゃんとした検証記事といえないクオリティです
